Installing PICRUSt on CentOS 6.4

由於工作在做生物資訊分析，因此會協助安裝paper內提到的software來進行data analysis，本文

就記錄一下安裝過程會用到的module，以幫助有需要參考到的人！

基本上，PICRUSt 網站內有提到此軟體需要安裝哪些基本套件，由於它是利用Python寫的，

因此首先當然要有適合的Python版本！

官方安裝網址 http://picrust.github.io/picrust/install.html#install

下面會提到安裝語法及流程：

一、進行前置作業

1. Installing python 2.7(不要安裝版本3.X ~，PICRUSt會無法正常Run )

# wget http://www.python.org/ftp/python/2.7.6/Python-2.7.6.tgz
# tar -zxvf Python-2.7.6.tgz  
# cd Python-2.7.6
# ./configure  
# make  
# make install

確認python version 是否為2.7.6，Linux一開始安裝的版本預設為2.6.X，順利安裝完

後會以現在的版本為default

2. Installing numpy (version 1.5.1)

手動下載

ftp上傳至Server

# tar -zxvf numpy-1.5.1.tar.gz
# cd numpy-1.5.1
# python setup.py install

3. Installing PyCogent (version 1.5.3)

# wget http://downloads.sourceforge.net/project/pycogent/PyCogent/1.5.3/PyCogent-1.5.3.tgz?r=http%3A%2F%2Fsourceforge.net%2Fprojects%2Fpycogent%2F&ts=1392100014&use_mirror=nchc
# tar -zxvf PyCogent-1.5.3.tgz
# cd PyCogent-1.5.3
# python setup.py install

4. Installing Biom (version 1.3.1)

手動下載

ftp上傳至Server

# tar -zxvf biom-format-1.3.1.tar.gz
# cd biom-format-1.3.1
# python setup.py install

執行

# biom

/usr/local/bin/biom: line 22: exec: pyqi: not found => error message

由於還缺少module，因此請再安裝

4.1 Installing pyqi

手動下載

ftp上傳至Server

# tar -zxvf pyqi-0.3.1.tar.gz
# cd pyqi-0.3.1
# python setup.py install

Error message
Traceback (most recent call last):
File "setup.py", line 20, in <module>
from setuptools import setup

ImportError: No module named setuptools

又缺少module，因此請再安裝

4.2 Installing setuptools

# wget https://bitbucket.org/pypa/setuptools/get/default.tar.gz#egg=setuptools-dev
# tar -zxvf default.tar.gz
# cd pypa-setuptools-13a839bd8ad2
# python setup.py install

回到4.1進行安裝pyqi即可成功


# pyqi



test pyqi OK!!

回到4進行安裝biom即可成功!

# biom


test biom OK!!


二、Download PICRUSt

# wget https://github.com/picrust/picrust/releases/download/1.0.0/picrust-1.0.0.tar.gz

解壓縮後move至/usr/local目錄

三、Download PICRUSt’s precalculated files

根據官方說明，在picrust-1.0.0/picrust/目錄內建立data directory，並且下載

下面的兩份data

# wget ftp://thebeast.colorado.edu/pub/picrust-references/picrust-1.0.0/16S_13_5_precalculated.tab.gz
# wget ftp://thebeast.colorado.edu/pub/picrust-references/picrust-1.0.0/ko_13_5_precalculated.tab.gz
# cd /usr/local/picrust-1.0.0
# python setup.py install

若安裝成功，在/usr/local/bin目錄下會有如下files

此時就可以進行分析，請見此頁面