Installing QIIME on CentOS 6.4

上一篇提到PICRUSt的細部安裝流程，這一篇要提到的是若要做PICRUSt Metagenome Prediction

分析，其前置要產生的OTU file需要透過QIIME 進行Picking closed reference OTUs來產生。

請到此網站http://qiime.org/install/install.html#getting-qiime參照相關的必安裝的module

1. 安裝git - 版本控制軟體
https://code.google.com/p/git-core/downloads/list

# wget https://git-core.googlecode.com/files/git-1.8.5.tar.gz
# tar -zxvf git-1.8.5.tar.gz
# yum install curl-devel expat-devel gettext-devel openssl-devel zlib-devel //安裝相關套件
# make prefix=/usr/local all
# make prefix=/usr/local install

2. 下載QIIME

git clone git://github.com/qiime/qiime.git Qiime

3. 安裝scipy-0.13.3

# yum install lapack lapack-devel blas blas-devel //安裝相關套件
# cd scipy
# python setup.py install

4.  安裝matplotlib-1.1.0

# yum install freetype-devel  //安裝相關套件
# yum install libpng-devel //安裝相關套件
# cd matplotlib
# python setup.py install

5. cd Qiime

# python setup.py install

PS. 安裝Qiime若中間有缺少什麼module，請自行安裝補上，不一一列出，但最麻煩的

為scipy、matplotlib的安裝！